おそらく
aplsel "○○"
aplobj "", 0
aplstr "input ID0"
aplobj "", 1
aplstr "input ID1"
このような形のスクリプトになっているのだと思いますが、
この状態だと
メッセージ送信先を「○○」ウィンドウに指定
↓
メッセージ送信先を「○○」ウィンドウの中の「input ID0」に指定
↓
メッセージ送信先を「○○」ウィンドウの中の「input ID0」中の「input ID1」に指定
という流れになってしまいます。
(もしかしたら間違っているかもしれませんが・・・)
ですので、ID1を捕獲するためには
aplsel "○○"
aplobj "", 0
aplstr "input ID0"
aplsel "○○"
aplobj "", 1
aplstr "input ID1"
このようにウィンドウを捕獲し直せばID1以降の
入力ボックスを捕獲できるようになる・・・・はずです。