レスが今更かも知れませんが・・・
CPU使用率の表示という用途なら、クリックしてもウィンドウが何も反応しないようにすれば
最小化の問題を避けられると思います。
拡張ウィンドウスタイルに WS_EX_TRANSPARENT を追加するとマウスメッセージを透過させて、
下のウィンドウをクリックしたようにすることが出来ます。
ただしウィンドウを透過表示させる WS_EX_LAYERED も同時に設定する必要があります。
#include "user32.as"
#define GWL_EXSTYLE -20
#define WS_EX_LAYERED $80000
#define WS_EX_TRANSPARENT $20
#define ULW_ALPHA 2
bgscr 1,200,150,0,100,80
gsel 1,2
color 200,50,50 :boxf :color
mes "マウスメッセージも透過"
// 拡張ウィンドウスタイルに WS_EX_LAYERED | WS_EX_TRANSPARENT を追加適用
GetWindowLong hwnd, GWL_EXSTYLE
SetWindowLong hwnd, GWL_EXSTYLE, stat | WS_EX_LAYERED | WS_EX_TRANSPARENT
// 第3パラに透明度 (アルファ値の範囲 0〜255)
; bAlpha = 255 * 75 / 100 ;透明度75%
; SetLayeredWindowAttributes hwnd, 0, bAlpha, ULW_ALPHA
stop