vistaでは↓で出来るみたいです。
//FOLDERFLAGS
FWF_AUTOARRANGE = 0x00000001
FWF_SNAPTOGRID = 0x00000004
newcom shell, "Shell.Application"
windows = shell("Windows")
// インデックスを指定しなければデスクトップのオブジェクトを取得できるみたい?
desktop = windows("Item")
doc = desktop("Document")
mes doc("$interface")
// 現在の設定
flags = doc("FolderFlags")
mes flags&FWF_AUTOARRANGE // onなら1
mes flags&FWF_SNAPTOGRID // onなら4
//on offを逆にする
flags ^= FWF_AUTOARRANGE | FWF_SNAPTOGRID
doc("FolderFlags") = flags
dialog "デスクトップの右クリックメニューで確認してください。"
//元に戻す
flags ^= FWF_AUTOARRANGE | FWF_SNAPTOGRID
doc("FolderFlags") = flags
delcom doc
delcom desktop
delcom windows
delcom shell