どういうこと…と思いましたが、もしかして提示されたjavascriptのコードにある配列のうち、
元々のデータは6番目の0x0までなのでしょうか?
私がNo.101706で書いたコードでは6番目に「FA3C」と出てきますが、
これを下位バイトから1バイトずつ書きますと、リトルエンディアンのルールにより
「3C」と「FA」になります。
したがって、これならどうでしょうか?
dim cmdArr,6
cmdArr=0x1,0x5,0x4,0x3,0x0,0x0
crc=0xFFFF
repeat length(cmdArr)	//cmdArrの要素数だけ繰り返す
	crc=(crc ^ cmdArr(cnt)) & 0xFFFF
	repeat 8
		lsb=crc&1
		crc=(crc>>1)&0x7FFF	//下位15bit以外は0にする(すなわち16bitデータのMSBを0にする)
		if lsb {	//lsbが1なら
			crc^=0xA001
		}
	loop
loop
crc_lo=peek(crc,0)	//CRCの下位1バイト
crc_hi=peek(crc,1)	//CRCの上位1バイト
mes strf("%02X",crc_lo)
mes strf("%02X",crc_hi)