既にフォルダの更新日時の取得でFILETIME構造体を取得しているのであれば、CompareFileTimeというAPIがあります。
このAPIは2つのFILETIME構造体を比較してくれます。
#uselib "kernel32.dll"
#cfunc CreateFile "CreateFileA" str, int, int, int, int, int, int
#func CloseHandle "CloseHandle" int
#func GetFileTime "GetFileTime" int, int, int, int
#cfunc CompareFileTime "CompareFileTime" int, int
dim FILETIME_1, 4
dim FILETIME_2, 4
// 1つ目のファイル
hFile = CreateFile("C:\\root", 0x80000000, 0, 0, 3, 33554432)
GetFileTime hFile, 0, 0, varptr(FILETIME_1)
CloseHandle hFile
// 2つ目のファイル
hFile = CreateFile("C:\\Windows\\System32", 0x80000000, 0, 0, 3, 33554432)
GetFileTime hFile, 0, 0, varptr(FILETIME_2)
CloseHandle hFile
r = CompareFileTime(varptr(FILETIME_1), varptr(FILETIME_2))
mes r
stop
https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc429696.aspx